mmm...in breve, joomla utilizza i suoi template e i css sono quelli del template che scegli!..che puoi modificare se vuoi; i contenuti sono articoli, moduli, estensioni, plugin, etc. che gestisci direttamente dall'amministrazione di joomla!
Da quello che scrivi ho capito che hai un sito bello che fatto, ma a che ti serve joomla allora?