Ciao, hai provato tutto, proviamo ad azzardare delle ipotesi?
Il metodo JCacheStorageFile::_deleteFolder non lo trovo in Joomla 3.7.2 (core) quindi l'errore è segnalato da una estensione. Estensione che richiama il metodo, questo sì, di Joomla, JFolder::delete().
Salvo errori Joomla (core) chiama solo 2 volte in tutto il codice questo errore, che poi è un warning. Inutile dire dove, ché divento solo pesante, però viene impostato dopo aver fatto un mucchio di test - tutti superati bene - sulla cartella da cancellare.
Alla fine dei test positivi, se la cartella ancora non si cancella, Joomla ritiene che si tratti di un problema di permessi "// In case of restricted permissions we zap it one way or the other as long as the owner is either the webserver or the ftp" .
Ma potrebbe essere anche qualcosa che riguarda il particolare filesystem del server.
In buona sostanza, o quello che viene eseguito prima rovina i permessi oppure nel caso tu sia in un sistema originariamente Windows e non Linux dove il separatore di file non è "/" ma "\" e se qualche metodo, come ad esempio quello recursivo che svuota la cartella prima di cancellarla, cerca "/" invece di DIRECTORY_SEPARATOR con l'opzione per i due tipi di separatore, allora non riesce a cancellare la cartella di cache interessata perché non la trova vuota.
Un saluto.