Nel backend di Joomla vai a "Estensioni", poi "Template", poi "Stili".
Nella pagina che si apre, nella colonna di sinistra "Stile", selezioni il template che ti interessa.
Una volta che si è aperto il "backend" del template vai al tab "Assegnazione menu" (o voce corrispondente, a seconda dei template installati): qui potrai spuntare a quali voci di menu associare il template.
Il gioco è fatto.
Nel sito che ti ho linkato ho Helix 3 impostato come "predefinito per tutte le pagine", mentre Protostar, così come Beez 3, risultano come "Assegnato a una pagina".
Spero di essere stato chiaro
