Cercando in rete, c'è un tool che potrebbe essere stato usato.
Premetto che il tuo sito è da considerarsi totalmente compromesso e che dovresti seguire le linee guida messe in evidenza in questa sezione.
Se poi vuoi cercare di pulire potrebbero esserci questi files:
priv8
conp
izo.cin
dc.pl
python.izo
perlbypass.php
autoroot.txt
jeentel
cgiPerl.dz
read.php
config.izo
priv9
ssi.php
suexec.php
dayi
ftpcrack.php
safe.php
cgi.pr
pss_v.1.0_min.shtml
Ph33r.Ph33r
Ph33r.php
Considera anche che ci potrebbero essere modifiche ai php.ini e .htaccess (non solo quello nella root, ma anche in sottocartelle).
Nulla vieta che abbiano cambiato i nomi delle shell, quindi rimane valido il consiglio scritto in rosso.