Ci è voluto del tempo, ma alla fine credo di aver risolto.
In pratica ho pulito lo spazio a disposizione ho caricato Joomla 2.5.28 nuovo senza la cartella di installazione, ho messo il vecchio file configuration, collegato il database e, uno alla volta, tutti i moduli, i plugin e i componenti stando attento volta per volta alla visione del sito.
Tutto è andato bene ad eccezione del componente AcyMailing che non mi si fa installare. Ho provato anche a copiare dalle vecchie cartelle il componente, i moduli e i plugin: nulla non funziona.
Pazienza, mi accontento.
Buona giornata a tutti.