Immagino tu abbia seguito anche la procedura "standard" per installare il nuovo template, giusto?
Un template è un'estensione a tutti gli effetti e come tale va installata da Estensioni→Gestione→Installa→Installa da file - pacchetto compresso.
Carichi il file .zip del nuovo template e tutto dovrebbe funzionare senza problemi...
Se hai fatto esattamente quello che ho descritto sopra, mi scuso per la perdita di tempo