Se modifichi direttamente il file template.css (ma sarebbe meglio usare lo user.css di Protostar) come già sai ti trovi questa classe:
.body .container {
background-color: #fff;
-moz-border-radius: 4px;
-webkit-border-radius: 4px;
border-radius: 4px;
padding: 20px;
border: 1px solid rgba(0,0,0,0.15);
-moz-box-shadow: 0px 0px 6px rgba(0,0,0,0.05);
-webkit-box-shadow: 0px 0px 6px rgba(0,0,0,0.05);
box-shadow: 0px 0px 6px rgba(0,0,0,0.05);
}
Modificando la regola background-color: #fff; con il colore che vuoi tu, non funziona?
Dovrebbe...