È uno script in un file css non viene letto.
Come hai fatto tu. È indipendente da eventuali aggiornamenti, quindi se aggiorni non viene toccato, viene richiamato del file .php del template proprio per personalizzare il template. Se le personalizzazioni le metti nel file template.css è possibile che al primo upgrade tu le perda. Quindi, se ne hai altre, mettile nel file custom.css