C'è un hosting, molto famoso, che provoca delle alterazioni di data nei file in maniera del tutto casuale, di quando in quando, qualche file. Poi vai a vederli e sono a posto, identici a come dovrebbero essere.
Non so perché succeda ma se hai fatto un paio di controlli ed è tutto ok, e il sito funziona come dovrebbe, c'è la probabilità del 99% che sia tutto bene.
Ciao!