Hai due opzioni, a seconda delle tue competenze:
1- analizzi i log del server, analizzi i files, analizzi il database e rimuovi l'infezione
2- ti salvi il database, controlli che non ci sia codice malevolo nel database, ti fai una lista dei tuoi componenti, ti salvi tutti i files che non fanno parte del core di joomla (es immagini, pdf, etc.), cancelli tutto dal server, fai un'installazione pulita di joomla, reinstalli i componenti puliti, ricarichi i files che non fanno parte del core di joomla e reimporti il database.
Se non sai fare nessuna delle due soluzioni non ti resta che chiedere aiuto a qualcuno che lo sappia fare (nel senso che te lo deve fare lui).