In caso di spazio ibrido di solito funziona così:
i due ambienti vengono forniti separatamente su due hostname di terzo livello, windows.nomedominio.tld e linux.nomedominio.tld , e l'hostname principale,
www.nomedominio.tld può essere liberamente indirizzato, da pannello di controllo, verso uno dei due spazi.
Tu puoi usare tranquillamente joomla su linux, solo che se non hai intenzione di usare Windows server, non so quanto sia economicamente valida questa soluzione, perchè di solito è più costosa.