le spunte sono così impostate:
- nel template principale non c'è nessuna spunta
- nel template secondario ci sono le spunte nei menu interessati
dici che sia corretto?
In un mio sito dove faccio "scarabocchi" di tutti i tipi per sperimentare il possibile ho una configurazione con un template predefinito (con la "stellina gialla" e la dicitura "predefinito per tutte le pagine", per intenderci) a cui sono assegnate (tramite solita spunta) tutte le voci di menu tranne una, la rimanente voce è assegnata ad un secondo template (stellina bianca e dicitura "assegnato a 1 pagina") con la spunta dell'unica voce di menu interessata.
E tutto funziona perfettamente.
Ho un altro sito di scarabocchi dove ho un template predefinito per tutte le pagine a cui non è assegnata nessuna voce di menu (nessuna spunta come nel tuo caso), e tutte le altre pagine sono divise tra altri sei template, ognuno con le spunte sulle voci di menu del caso.
E anche qui tutto funziona perfettamente.
Senza vedere il backend fatico a capire dove stia il tuo problema, ma potresti provare a mettere la spunta nel template principale alle voci che vuoi vengano visualizzate con quel template (adesso non ci sono spunte), e fare lo stesso col template secondario (come hai già fatto)...