A mio parere, se pensate di fare a breve l'upgrade alla 1.5, vi conviene iniziare subito a progettarlo sulla 1.5RC2, è a buon punto, e penso subirà poche modifiche rispetto alla release finale. Infatti non so quanto sarà semplice fare l'upgrade da 1.0.x a 1.5...
I templates fatti per 1.0.x funzioneranno sulla 1.5 in legacy mode, quindi da questo punto di vista non dovresti avere problemi, se non qualche ritocco nel codice del template.
Invece è da valutare l'aspetto componenti / moduli / plugins, infatti ad ora sono pochi quelli progettati nativamente per Joomla 1.5, e pochi di quelli per la 1.0.x funzionano in legacy mode... E fra questi a volte bisogna fare modifiche al codice PHP...
In sostanza, se ti serve un sito dinamico "classico", quindi senza (o con pochi) componenti aggiuntivi, potresti optare subito per la 1.5, se invece ci dovrai aggiungere componenti (forum, shopping, ...) meglio stare sulla 1.0.x finchè i tempi non saranno maturi.