In verità anch'io, negli ultimi tempi, sto avendo un problema analogo col file custom.css di Helix Ultimate.
Te lo descrivo qui in dettaglio, giusto per capire se l'analogia non corrisponda invece allo stesso identico problema.
Abitualmente utilizzo Firefox per sviluppare i siti, in primis perché sono abituato ad utilizzare il tool integrato "Sviluppo web" del menu "Strumenti.
Quello che succede a me è che se applico una modifica nel file custom.css e poi voglio verificarne il risultato facendo il refresh della pagina, la modifica non compare (...!), e non compare nemmeno dopo vari refresh, e nemmeno dopo aver svuotato la cache del browser (...!). Solo dopo un po' di tempo, svuota e risvuta la cache, chiudi e riapri Firefox, le modifiche diventano visibili. Assolutamente insopportabile.
L'unica cosa che ho constatato è che, una volta modificato il suddetto file custom.css, se vado a vederne il contenuto con gli strumenti per sviluppatori di Firefox, il file non mostra le modifiche css che avevo appena apportato.
Potrei aggiungere altri dettagli, ma mi fermo qui...
Dopo qualche giorno, esasperato da questo comportamento per me inspiegabile, ho provato ad utilizzare Chrome e tutto funziona come dovrebbe e come aveva sempre funzionato con Firefox: aggiungo una regola css e il suo effetto è immediatamente visibile dopo il refresh della pagina.