Solitamente per caricare un file malevolo utilizzano bug di vecchie estensioni che non sono state aggiornate:
(qui la colpa è del webmaster o del cliente che ha sottovalutato la questione)
per esempio alcune versioni di foxcontact, e di jb_contact si prestano a far caricare file php che contengono script che fanno di tutto, come ad esempio leggere le credenziali inserite nel file configuration.php, quindi leggere scrivere e modificare di tutto, dal DB alle credenziali della posta se si usa smtp come servizio email.
in questi casi eliminare tutto e ripristinare con un vecchio backup, aggiornando tutte le credenziali e anche tutte le estensioni, controllando manualmente, perchè non tutte danno l'avviso che esiste una nuova versione!