Un po' complicato, ma alla fine ho trovato l'inghippo e lo pubblico perchè può succedere ad altri!
In pratica sono tornato indietro analizzando tutte le modifiche/interventi fatti sul sito negli ultimi 30 giorni PUNTIGLIOSAMENTE!
Tra le altre cose avevo inserito un tag di Google nell'index.php e proprio sostituendo l'index con uno originale mi ha portato alla soluzione, infatti i download erano perfetti.
Analizzo i due index e unica differenza erano alcune righe bianche vuote in quello modificato!Bon ecco risolto l'arcano, se capita a qualcuno ne tenga conto.CIAOOOOOOOOOOOOOO