il file configuration.php è settato acon permessi a 444, quindi modificabili solo dall'owner (joomla).
Edita il file solo dopo aver cambiato i permessi a 644, altrimenti dopo il trasferimento col piffero che lo sovrascrivi.
Di automatico per queste cose non c'è nulla, se cambi la password sul database e non vuoi avere problemi, prima la cambi dal backend di joomla e poi sul pannello dell'hosting. Non il contrario come hai fatto tu.