i sotto articoli ereditano la visualizzazione perchè tutto quello che c'è nel contenitore padre finisce nel contenitore figlio.
quindi se inserisci la voce di menù collegata ad una categoria, tutti gli articoli dentro quella categoria avranno anche la visualizzazione del modulo.
joomla ci fa scegliere solo 4 possibilità:
"su tutte le pagine"
"su nessuna pagina"
"solo sulle pagine selezionate"
"su tutte le pagine eccetto quelle selezionate"
Per ovviare avremmo dovuto avere una voce di menù per ognuna degli articoli presenti nella categoria in modo tale da vedere quelle pagine nella gestione visibilità modulo e allora si, non essendo flaggate, la visualizzazione non avrebbe luogo.
Questo il meccanismo.
Ora però se non ricordo male ci dovrebbe essere un estenzione che lavora molto più granularmente sulla questione visibilità.
credo sia questa. è un estenzione che ha molte caratteristiche, qualcuna nella versione a pagamento.
https://regularlabs.com/advancedmodulemanager