Ciao!
Come prima cosa proverei a vuotare la cache ed i cookie del browser e poi a vuotare la chache di Joomla,e vedere se vedi ancora il messaggio. Dopodichè, a prescindere che tu veda l'avviso oppure no, fai un backup del db e dei file poi procedi con l'aggiornamento, secondo me ti si aggiorna senza problemi.
Facci sapere!