allora... la spunta a "cerca per parole chiave" non deve esserci, e comunque il banner deve essere visualizzato lo stesso.
Nella pagina che avevo visto io (musei Diocesani della Campania) il modulo con la pubblicità che visualizzavo era 1 solo, non 3, e ti confermo che adesso è tornato come prima: 1 solo modulo con il solo titolo, e nient'altro.
Se lo analizzo con "ispeziona elemento", il <div class="mod-banners bannergroup"> </div> è VUOTO, non c'è nulla, nessun banner. Quindi questo significa che c'è qualcosa di sbagliato in tutta la costruzione.
Io al tuo posto farei così: creo una pagina di prova completamente nuova, poi creo un nuovo client PROVA, un nuovo banner "Prova" associato a quel link e un nuovo modulo "Prova" in cui fare comparire il banner, poi verifico il tutto e mi studio bene il risultato utilizzando gli strumenti per sviluppatore di chrome, applicando eventuali modifiche ad una ad una.
Per sapere se invece c'è un bug nella tua installazione di joomla, potresti fare tutto quello che ti ho detto su un sito di prova completamente vergine. Ovvio che in questo caso dovrai perderci un po' più di tempo.
PS: un'ultima suggestione, hai controllato che il Client sia selezionato non solo nel Banner ma anche nel Modulo?