il problema della colonna destra e' da individuare nel banner in alto a destra, penso.
Cmq, se mi dici il template che stai usando vedo se riesco a metterlo in ordine.
Per quanto riguarda le componenti che si vedono a meta', secondo me, sono impostante come layout a 2 colonne in joomla ma come layout a tutta pagina nella componente.
Quindi, la componente si prende tutta la pagina del main body, joomla ne da' mezza. ( di fatto spariscono esattamente a meta' del mainbody )