il problema e' nei css e in come vengono riconosciuti - trattati dai vari browser.
Quello che puoi fare e che solitamente si fa e' creare i css come da w3c e poi usare tutta una serie di hack per IE.
Gli hack li trovi in rete e sono una infinita' ... e non risolveranno tutti i tuoi problemi.
C'era une bella frase di non ricordo piu' chi :
"quando sarai sicuro che il tuo sito si veda allo stesso modo con tutti i browser, aprilo con IE6 per Macintosh"
Ci sono anche altri metodi .. tipo il controllo del browser con javascript ma di base si usano gli hack.
Se ricordo bene il w3c dovrebbe aver segnalato il browser di riferimento per i css.
Nella maggior parte dei casi il livello di "supporto" e', dal migliore al peggiore, per i browser piu' diffusi : Opera-Firefox-IE
Di base, se non hai particolari esigenze ottimizza il sito per IE e Firefox, rendilo usabile e se qualcuno che usa IE5 si lamenta perche' i DIV si sovrappongono o il banner e' sfasato di un pixel .. amen.