Per prima cosa (regola che vale sempre) controlla il file "error log" dal pannello di controllo dell'host (a secondo di quello che c'è scritto capisci quale è il problema)
Probabili cause98% permessi o di file o delle cartelle o del chmod
1% file copiati parzialmente
1% altro
Adesso però ti meriti un predicozzo!!
Senza offesa ma tu fai siti di professione e fai questo tipo di domande?
E poi: "gravissimo"
??
Qualche consiglio: non ti far prendere dal panico, probabilmente non ti è mai successo ma a quasi tutto c'è rimedio.
Fai sempre una copia di backup prima di qualsiasi operazione.
Fai prima una prova in locale e quando tutto funziona allora fai la stessa cosa in remoto.
Sono piccole accortezze che probabilmente faranno salire la tua reputazione professionale.