Ho risolto da solo,
ho impostato nella "configurazione globale/contenuti" su Modalita' Compatibilita' Itemid: "joomla 1.0.11 e precedenti", in questo modo in home page i link sono visualizzato con la corretta itemid che permette l'uso del giusto template.
Spero possa essere utile a qualcuno
Saluti
Dario