Rieccomi. Allora, dopo aver confrontato i permessi file per file e cartella per cartella tra questo sito dove l'inserimento immagine con JCE non funzionava e altro dove funzionava ed averli trovati tutti uguali mi ero arreso. Senonchè, con mia grande sorpresa, adesso l'inserimento immagini con JCE funziona e non si presenta più quell'anomalia tipica che descrivevo sopra.
Poichè non credo alla stregoneria, deve essersi trattato di qualche strana combinazione tra le mie azioni (ad esempio aprivo diverse pagine come amministratore) e le impostazioni di sicurezza del server. In ogni caso il problema si è risolto.
Grazie degli aiuti