Ciao Matteo.
Anzitutto una domanda: dopo che hai modificato il testo con l'edito, a prescindere dal fatto che le modifiche che fai non ti vengano applicate al testo, come vedi il testo nella pagina del sito dopo che lo hai salvato?
Purtroppo gli editor di Joomla non sono come i programmi di wordprocessing ma ne simulano il funzionamento. Quindi hanno una serie di problemi che bisogna prendere con filosofia.
Per risolvere il tuo problema direi di controllare il codice html prodotto da JCE (c'è un pulsante apposito per vsualizzare l'html del testo), verificare quali tag html sono stati usati e poi andare a vedere nel foglio di stile del template come sono gestiti questi tag.
Ad esempio se nel testo è presente il tag <p> andare a vedere nel CSS del template quali attributi sono assegnati al tag <p>.
Per default JCE usa il foglio di stile del template. Quindi, in genere, qualunque formattazione dei al testo sarà poi il foglio di stile del template a comandare.
Una cosa da provare sarebbe quella di associare all'editor un CSS diverso da quello del foglio di stile del template con classi personalizzate da utilizzare unicamente per i testi dell'editor.
Chiaramente queste classi andranno poi copiate all'interno del foglio di stile del template.
