ma i file pdf sono dentro al tuo sito? magari si riferiscono ad altri siti, per cui non li hai crati tu...
Se hai installato di recente un componente per riscrivere le url, puo essere successo che google non ti ha piu riconosciuto perche sono cambiati dei parametri (tipo title, description etc) e momentaneamente ne indicizza altri.
Secondo me attendi un po', dovresti tornare primo...
Ciao