Joomla ha dei problemi a "incastonare" nelle pagine degli script. (vedi circ. pubblicitario Heyos). Quindi, ti consiglio di andare su Joomla! Extension Directory e scaricarti il modulo Jumi.
Cosa permette di fare questo modulo?
Ti crei una pagina html o altro codice, e ci inserisci lo script. Poi, installi Jumi, e ti richiami la pagina nel modulo. In pratica Jumi è un Wrapper sotto forma di modulo.