Ciao elmundo.
Il consiglio che ti posso dare è di trasferire il sito una cartella per volta, almeno sai dove sei arrivaro
Se poi ti dice che il file esiste già... non va bene! Dovresti cercare di capire di quale file si tratta.
Se utilizza la modalità di filezilla che mette in coda i file per il trasferimento l'errore potrebbe essere di aver messo in trasferimento due volte lo stesso file.
Ecco perchè ti consiglio di fare l'upload un pò alla volta.
Prima di iniziare il trasferimento assicurati che nella root del sito non ci sia nulla.