si, è probabile che lo script sia annidato in qualche file che non è stato sovrascritto dagli aggiornamenti, controlla il nel template.
Forse la cosa migliore è salvare il contenuto del database, il file configuration.php, salvare le cartelle con eventuali immagini o file allegati al sito e cancellare tutto il contenuto del sito. Caricare una versione 1.0.14 cancellare la cartella installation e ripristinare il configuration.php
Poi piano piano provare a reinstallare i vari componenti per capire da dove parte lo script se è ancora presente.