Puoi installare un debugger tipo firebug, e ti guardi l'output di Joomla pagina per pagina.
Oppure apri i file php uno ad uno e vedi cosa fanno, così ho fatto per esempio con alcuni componenti di base come il com_content, com_login e com_contact.
Puoi anche cercare guide (in italiano non ce ne sono) che spiegano la struttura dell'output di Joomla.