Prova dopo prova in restrizione dei permessi ... sono quelli che ho applicato io. Finora funziona tutto da quasi un anno 
Ok, buon per te, ma è una impostazione personale, molto restrittiva, può anche essere condivisibile ma dipende sopratutto da cosa usi e da come lo usi.
Il mio consiglio personale è di lasciare le impostazioni consigliate di default da Joomla, 755 e 644.
Se riuscite a impostare i permessi in modo ancora più restrittivo con
tutto funzionante... meglio ovviamente, meno rischi per la sicurezza.