Ciao
L'aggiornamento vale solo per il core di Joomla. Non dovrebbe avere problemi con CB.
In ogni caso il consiglio è sempre lo stesso: fare una copia del sito in locale e provare l'aggiornamento. Se tutto funziona fare l'aggiornamento del sito in remoto.
Per aggionare joomla basta semplicemente decomprimere il file di aggiornamento nella root del sito, sovrascrivendo tutti i file che già sono presenti.
Non ci sono componenti mancanti. I componenti a cui fai riferimento sono quelli installati di default con joomla. Il fatto che tu non veda le cartelle dei componenti non significa che non ci siano, significa che non hanno bisogno di aggiornamento.
Ciao