Credo che alla procedura suggerita manchi un pezzo.
Una volta "installato" Joomla ex novo sul sito remoto, le cose da fare sono due.
La prima, come suggerito, è trasferire con filezilla (a qualcosa di simile) tutte le cartelle del sito locale a quello remoto, sovrapponendo tranquillamente quelle esistenti.
La seconda è fare un export del database locale e fare un import dello stesso sul sito remoto.
In entrambi i casi bisogna poter accedere al pannello di controllo di mysql.
M.I.