Se il tuo problema è integrare mootools nel tuo template Joomla, basta che inserisci questa stringa nel tag HEAD (se non erro) del tuo template:
<script src="PERCORSO_SCRIPT/mootools.js" type="text/javascript"></script>
Ti scarichi il CORE di mootools dal sito produttore, te lo metti in una cartella sul tuo ftp e lo richiami con lo script che ti ho citato sopra.