strano... tempo fa ho sentito di problemi simili per colpa di un trasferimento fatto in modalità binaria invece che ASCII...
prova a fare così: riscarica la versione 1.0.8 qui da joomla.it, rifai l'upload sul tuo server, impostando nel tuo programma ftp il trasferimento in modalità AUTO e vediamo se l'errore si ripresenta...