ciao,
Non ho capito che intendi per coesistere.
Se crei un'altra dir nel folder htdocs dentro ci puoi mettere quello che ti pare. (joomla 1.5 ma anche drupal, WP o una semplice pagina html)
Puoi usare lo stesso db con un altro prefisso oppure creare un db nuovo di zecca (con phpmyadmin).
Insomma puoi fare quello che ti pare.