il problema del php.ini non c'entra solo con sh40. Nella tua installazione di joomla (che, peraltro, se la aggiornassi alla 1.0.15b sarebbe meglio) sono visibili i messaggi di sicurezza relativi al rg_emulation e al register_globals.
RG_emulation lo risolvi con l'aggiornamento di joomla perché adesso c'è il parametro nella configurazione.
Per quanto riguarda il register_globals, il tuo hoster non consente la sovrascrittura con l'htaccess, ma mi pare di aver letto qui in giro che puoi mettere un file php.ini dentro le cartelle.
Questo, comunque, puoi vederlo nell'help del tuo hoster o, eventualmente, chiedi chiarimenti a loro stessi
