Cosa intendete per manuale? via ftp direttamente?
Perchè poi dipende da cosa volete,plugin,template o moduli hanno diverse cartelle di destinazione ,linguaggi e cose del genere.
Io forse posso aiutarvi ma spiegatemi per bene il problema.
PS: possibile che usando da back end "installa/disinstalla" da "gestione estensioni" non vi carica nulla?