Ciao, se ho capito bene il tuo problema, lo puoi risolvere in questo modo,
vai su: contenuti --> gestione categorie
nella barra degli strumenti (dove c'è nuovo articolo, archivia, cestina ecc) clicca "opzioni"
nella finestra che si apre clicca "categorie" --> categorie vuote --> mostra.
Io ho fatto così e le mie categorie si vedono tutte, anche quelle senza articoli.