1° con javascript devi fare moltissima attenzione. L'utilizzo è sottoposto a delle restrizioni. Fino a qualche tempo fa (non so adesso) se il browser aveva js disabilitati, simple image rotator ti sbatteva tutte le immagini in una volta.
2° credo dipenda dal fatto (sottolineo il "credo", non utilizzo Simple image rotator) che le dimensioni vengono prese come valore assoluto (in px). Prova a editare il codice del modulo. Da qualche parte ci saranno delle stringhe tipo questa:
<?php echo $width; ?>px;height:<?php echo $height; ?>px;
prova sostituendo "px" con "%"