Quando digiti una url nella barra degli indirizzi del browser il server chiamato risponde dando precedenza prima ai file con estensione .html o .htm e poi agli altri (nel nostro caso i file .php)
Questo dimostra che non è un problema di sito joomla ma di web server.
Ma l'indirizzo del sito web è segreto?

( e se me lo dai poi devi uccidermi???

)
Non so che livello di accesso hai al server web. Potresti sempre chiedere all'hoster di chiarirti il problema (che non riguarda certo joomla!)
Ciao