Allora, prima di incasinare il server ho fatto alcune prove in locale, installando il PHP 4.3.4 al posto del 5 che avevo. Dunque, il problema riguarda la modalità di comunicazione della password tra php e mysql che il locale ho risolto settando la modalità old password in Mysql con il comando : SET PASSWORD 'user'@'host' = OLD_PASSWORD ('newpassword');
Così il sito che avevo in locale torna a vedersi! Ora proverò a creare un nuovo user su mysql con questi settaggi sul server... vi tengo aggiornati!