Si, era la singola query ad impiegare 2,5 secondi.
Mi pare che il problema si sia risolto da quando ho aggiunto una serie di nuovi indici alla tabella jos_menu.
KEY `componentid` (`componentid`,`menutype`,`published`,`access`),
KEY `menutype` (`menutype`),
KEY `menutype_2` (`menutype`,`published`,`access`),
KEY `parent` (`parent`),
KEY `ordering` (`ordering`),
KEY `parent_2` (`parent`,`id`)
in particolare l'indice parent_2 con parent e id, mi pare che abbia sortito l'effetto maggiore (forse perché usato nella clausola di JOIN).
Grazie a tutti del prezioso supporto