Risolto in parte il "mistero". Posto qua la soluzione che può tornare utile ad altri:
riassumendo: con il caricatore flash attivato, quando si carica un file, joomla slogga e compare la schermata di login "come le scatole cinesi" all'interno del gestore media.
Disabilitando il caricatore flash invece, da un errore simile a questo:
* JFile::read: Unable to open file:
'/www/netsons.org/miky405/sys/tmp/phpvegHOL'
* JFTP::store: Bad response
* Attenzione: Spostamento del file fallito!
* Errore. Non è possibile caricare il file.
Disabilitando anche il server ftp dalla configurazione generale, si riesce a caricare il file, nonostante dia questo errore:
JFile::read: Unable to open file: '/www/netsons.org/miky405/sys/tmp/phpDYEMfk'
ad ogni modo l'importante è che in qualche modo funzioni. La soluzione quindi è disabilitare entrambi.