ciao,
mi è gia capitato in passato ... infatti tu hai attivato il SEO... vero??? bene ed il mod_rewrite ... bene!!! fin qui niente di male ... però se vedi nel url fa comparsa la pagina index.php che con l' url_rewrite ablitato nn si dovrebbe vedere ... allora hai rinominato htaccess.txt in .htaccess??? se hai già fatto ciò postami il contenuto del file .htaccess e ti dico dove devi modificare ...
