Ciao, non so esattamente come consigliarvi, ma di fatto una regola primaria è provare le patch in locale e vedere che il tutto funzioni a dovere. Secondo prima di uplodare, fare un full backup del database, questo permette nel caso di malfunzionamenti di ritornare alla configurazione originaria.
Mi ripeto, non ho ancora installato nessuna patch e non so neanche come sono fatte, ma quelle sopra sono regole fondamentali da seguire in ogni caso e sempre quando si parla di linguaggi server-side.
Spero di avervi dato qualche aiutino nel mio piccolo.