Il tuo template è un po' (troppo incasinato).
Andrebbero modificate un bel po' di cose, però questa è soluzione, anche se funziona "a mò di pezza", ovvero non è una cosa "fatta per bene".
In header form modifica l'altezza così:
#header form {
height:6.3em;
}
In #header form .inputbox modifica i margini così:
#header form .inputbox {
margin:30px 10px 0 0 !important;
}
Però, ripeto, non è un granché. Già a partire dal fatto che nel primo caso l'altezza si imposta in em, nel secondo si allinea (tra l'altro usando i margini) in pixel.
Però dovrebbe funzionare...