Ok ... ho risolto.
Ho verificato che il problema era nella tabella jos_modules dove mancavano tutti i riferimenti ai moduli che mancavano.
Ho quindi esportato la tabella del sito, per avere i moduli che mi servivano.
Da un altro sito funzionante con tutti i moduli a posto ho esportato la stessa tabella...
Con un editor di testo o dato una aggiustatina ai record inserendo i record dei moduli presi dal sito su cui sto lavorando
es:
(1, 'Menu Principale', '', 1, 'left', 0, '0000-00-00 00:00:00', 1, 'mod_mainmenu', 0, 0, 1, 'menutype=mainmenu\nmoduleclass_sfx=_menu\n', 1, 0, ''),
(2, 'Login', '', 1, 'login', 0, '0000-00-00 00:00:00', 1, 'mod_login', 0, 0, 1, '', 1, 1, ''),
(3, 'I più letti', '', 3, 'cpanel', 0, '0000-00-00 00:00:00', 1, 'mod_popular', 0, 2, 1, '', 0, 1, ''),
[cut]
(61, 'VirtueMart Top Ten Products', '', 19, 'left', 0, '0000-00-00 00:00:00', 0, 'mod_virtuemart_topten', 0, 0, 1, 'num_topsellers=10\n', 0, 0, ''),
(63, 'Top 100 Joomla', '', 0, 'right', 0, '0000-00-00 00:00:00', 1, 'mod_top100joomla', 0, 0, 1, 'allineamento=center\ntarget=_bank\ntop100=dapinna\nstile=a\n\n', 0, 0, ''),
etc.
Quindi ho eliminato la tabella originale dal database e ho ricreato la tabella importando il file con le info per ricostruirla (cioè non solo i recordo ma anche
CREATE TABLE IF NOT EXISTS `jos_modules` (
`id` int(11) NOT NULL auto_increment,
`title` text NOT NULL,
etc.
E tutti si è risolto.
NOTA. Remportare solo i record non andava bene perché il sistema rifiuta record con lo stesso ID di uno già esistente (più che normale) o cancellato.