Ciao aennion.
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Prova a rifare nuovamente l'upload di tutti i file con Filezilla e controlla che i file siano trasferiti tutti.
Filezilla visualizza (in basso) la coda di trasferimento e se qualche file non viene trasferito te lo indica. Non devi fare altro che rimetterlo nuovamente in coda.
Hai trasferito anche il database immagino